Функціональна підсистема протипаводкових заходів включає до свого складу басейнові, обласні, регіональні управління водних ресурсів, управління каналів, міжрайонні управління водного господарства, управління водного господарства та місцеві структурні підрозділи, експлуатаційні управління, інші водогосподарські організації, які виконують завдання цивільного захисту та здійснюють у межах своєї компетенції нагляд за забезпеченням сталого функціонування водогосподарських систем, комплексів та споруд і своєчасним виконанням заходів із запобігання аваріям і надзвичайним ситуаціям, пов’язаним з водним фактором.