Завданнями функціональної підсистеми протипаводкових заходів є:
1) здійснення заходів цивільного захисту у сфері Держводагентства;
2) забезпечення готовності підпорядкованих сил і засобів до дій, спрямованих на запобігання виникненню надзвичайних ситуацій або небезпечних подій пов’язаних з водним фактором, та реагування на них;
3) організація та проведення моніторингу і прогнозування виникнення надзвичайних ситуацій, пов’язаних з водним фактором, та їх розвитку, визначення ризиків виникнення надзвичайних ситуацій, пов’язаних з водним фактором;
4) своєчасне і достовірне інформування заінтересованих органів виконавчої влади та населення про загрозу виникнення або виникнення надзвичайних ситуацій, пов’язаних з водним фактором, у водогосподарських організаціях;
5) проведення рятувальних та інших невідкладних робіт з ліквідації наслідків надзвичайних ситуацій;
6) забезпечення планування заходів цивільного захисту;
7) організація та проведення навчань (тренувань) з підготовки органів управління функціональної підсистеми та підпорядкованих їм сил цивільного захисту;
8) розроблення та здійснення заходів, спрямованих на забезпечення сталого функціонування водогосподарських організацій в особливий період;
9) навчання населення щодо поведінки та дій у разі виникнення надзвичайної ситуації, пов’язаної з водним фактором;
10) здійснення заходів щодо укриття працівників водогосподарських організацій у захисних спорудах цивільного захисту;
11) розроблення і реалізація програм, спрямованих на запобігання надзвичайним ситуаціям, пов’язаним з водним фактором, та планів з питань цивільного захисту;
12) створення, збереження і раціональне використання резерву матеріальних ресурсів, необхідних для запобігання і реагування на надзвичайні ситуації;
13) здійснення у межах повноважень, передбачених законом, разом з іншими органами виконавчої влади заходів щодо запобігання надзвичайним ситуаціям, пов’язаним з водним фактором, зменшення руйнівних наслідків повеней, забезпечення безаварійного пропуску паводкових вод та льодоходу;
14) здійснення заходів, пов’язаних із запобіганням шкідливій дії вод і ліквідацією її наслідків, включаючи протипаводковий захист сільських населених пунктів та сільськогосподарських угідь;
15) організація виконання робіт, пов’язаних з мінімізацією наслідків шкідливої дії вод, зокрема шляхом забезпечення захисту від підтоплення, протипаводкового і протиповеневого захисту сільськогосподарських угідь, а також сільських населених пунктів;
16) проведення аналізу якості поверхневих вод і сповіщення органів виконавчої влади та органів місцевого самоврядування, організація розроблення оперативних та довгострокових прогнозів зміни екологічного стану водних об’єктів і меліорованих земель;
17) інші завдання, визначені законодавством.