Метою створення функціональної підсистеми є:
захист населення і територій від надзвичайних ситуацій, пов’язаних з водним фактором, в мирний час та в особливий період;
захист персоналу водогосподарських організацій у разі виникнення надзвичайних ситуацій, зменшення матеріальних втрат від їх наслідків;
організація та здійснення заходів, спрямованих на підготовку гідротехнічних споруд, водогосподарських систем та експлуатаційного персоналу, з метою запобігання можливим аваріям, виникненню надзвичайних ситуацій пов’язаних з водним фактором, забезпечення сталого функціонування водогосподарської галузі.