У функціональній підсистемі протипаводкового захисту з метою своєчасного запобігання виникненню і ефективного реагування на надзвичайні ситуації, пов’язані з водним фактором, організовується взаємодія з питань:
визначення органів управління, з якими необхідно організувати взаємодію під час ліквідації наслідків надзвичайних ситуацій;
визначення спільних заходів, що здійснюються силами цивільного захисту під час ліквідації наслідків надзвичайних ситуацій, складу і кількості цих сил (засобів), їх завдань, місць, часу і способів виконання;
організації управління спільними діями органів управління та сил цивільного захисту під час виконання завдань за призначенням;
усебічного забезпечення спільних заходів, що здійснюватимуться органами управління та підпорядкованими їм силами цивільного захисту, у тому числі взаємного надання допомоги транспортними, інженерними, матеріальними, технічними та іншими засобами.