Переведення функціональної підсистеми протипаводкових заходів у режим функціонування в умовах особливого періоду здійснюється відповідно до Кодексу цивільного захисту України, актів Президента України, Кабінету Міністрів України з урахуванням особливостей, що визначаються згідно із Законами України «Про оборону України», «Про правовий режим воєнного стану», «Про мобілізаційну підготовку та мобілізацію», мобілізаційними планами, планами цивільного захисту на особливий період Держводагентства та іншими нормативно-правовими актами.
Заходи щодо цільової мобілізації передбачаються у відповідних мобілізаційних планах.