У режимі надзвичайної ситуації, що вводиться при реальній загрозі виникнення надзвичайних ситуацій, здійснюються такі заходи:
оповіщення органів управління та сил цивільного захисту функціональної підсистеми протипаводкових заходів про загрозу виникнення надзвичайної ситуації;
призначення керівника робіт з ліквідації наслідків надзвичайної ситуації;
визначення території, переліку об’єктів та кількості населення, які потрапили до зони надзвичайної ситуації;
прогнозування розвитку надзвичайної ситуації;
переміщення необхідних сил і засобів функціональної підсистеми протипаводкових заходів у район виникнення надзвичайної ситуації;
організація робіт з локалізації і ліквідації наслідків надзвичайної ситуації силами функціональної підсистеми протипаводкових заходів, залучення для цього необхідних сил відповідних територіальних підсистем ЄДСЦЗ, інших підприємств, установ та організацій відповідно до планів реагування (взаємодії) на надзвичайні ситуації;
своєчасне і достовірне інформування заінтересованих органів виконавчої влади та населення про загрозу виникнення або виникнення надзвичайних ситуацій у водогосподарських організаціях;
організація захисту населення і територій;
контроль за розвитком надзвичайної ситуації;
організація робіт, спрямованих на відновлення сталого функціонування водогосподарських об’єктів;
систематичне інформування Мінприроди та Держводагентства про рівень, характер надзвичайної ситуації та вжиті заходи щодо реагування.