Режими функціонування функціональної підсистеми протипаводкових заходів встановлюються відповідно до статей 11-15 Кодексу цивільного захисту України, заходи з їх реалізації визначаються відповідно до Положення про єдину державну систему цивільного захисту, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 09 січня 2014 року № 11.
Залежно від масштабів і особливостей надзвичайної ситуації, що прогнозується або виникла в межах конкретної території, встановлюється один із таких режимів діяльності функціональної підсистеми:
режим повсякденної діяльності;
режим підвищеної готовності;
режим надзвичайної ситуації;
режим надзвичайного стану.
Рішення про переведення функціональної підсистеми протипаводкових заходів з одного режиму в інший приймається Головою Держводагентства за погодженням з Міністром екології та природних ресурсів України.
Підготовка до пропуску повені і паводків може здійснюватися як в режимі повсякденного функціонування (у режимі підвищеної готовності), так і в режимі надзвичайної ситуації - залежно від прогнозів та обсягів підготовчих робіт тощо.