До структури АІПС «Автоексперт» входять:
1) сховище даних — програмно-технічний комплекс, який складається із серверів баз даних та програмного забезпечення, призначених для безперервної обробки та зберігання інформації, ведення та зберігання системних журналів аудиту роботи користувачів АІПС «Автоексперт», системних журналів реєстрації роботи програмних засобів і журналів аудиту засобів безпеки;
2) сервери застосувань — програмно-технічні комплекси, які складаються із серверів та програмного забезпечення, призначених для безперервного функціонування програмних засобів обробки інформації в інтерактивному режимі реального часу, архівування та синхронізації інформації, записування та зберігання системних журналів аудиту приймання-передавання інформації, реєстрації роботи програмних засобів і журналів аудиту засобів безпеки;
3) шлюзові сервери — програмно-технічні комплекси, які складаються із серверів та програмного забезпечення, призначених для забезпечення захисту інформації під час її приймання та передачі до сховища даних, а також для запобігання можливості блокування доступу до програмно-апаратних ресурсів АІПС «Автоексперт»;
4) інші сервери та електронне комунікаційне обладнання, які можуть використовуватися для виконання завдань та функцій АІПС «Автоексперт» у процесі її функціонування.