Постійно діючими органами управління функціональної підсистеми є:
на державному рівні - Держатомрегулювання через структурний підрозділ Держатомрегулювання з питань цивільного захисту;
на регіональному рівні - міжрегіональні територіальні органи Держатомрегулювання та територіальні органи на майданчиках атомних електростанцій;
на об’єктовому рівні - керівники суб’єктів діяльності у сфері використання ядерної енергії.