Організаційне та інформаційне забезпечення діяльності функціональної підсистеми покладається на відповідні структурні підрозділи Держатомрегулювання.
В рамках діяльності функціональної підсистеми Держатомрегулювання взаємодіє на державному рівні з:
Державною службою України з надзвичайних ситуацій щодо обміну інформацією про загрозу виникнення або виникнення надзвичайних ситуацій, з питань забезпечення пожежної безпеки у сфері використання ядерної енергії, потреб у залученні або наданні допомоги згідно з Конвенцією про допомогу в разі ядерної аварії або радіаційної аварійної ситуації;
Міністерством закордонних справ - з питань оперативного інформування та з питань, що стосуються виконання Конвенції про оперативне оповіщення про ядерну аварію, інших міжнародних договорів, що передбачають аварійне оповіщення та обмін інформацією про стан ядерної та радіаційної безпеки;
Службою безпеки України - з питань оперативного інформування та надання інформації у разі порушень в роботі атомних електростанцій (далі - АЕС), стану безпеки енергоблоків АЕС, випадків пожеж на АЕС, стихійних явищ в районі розташування АЕС, спроб порушення або порушення фізичного захисту, блокування АЕС, інших подій та діяльності, що можуть призвести до втрати контролю над АЕС та стосуються стану захищеності ядерних установок, ядерних матеріалів, джерел іонізуючого випромінювання, уранових об’єктів та об’єктів по поводженню з радіоактивними відходами;
Українським гідрометеорологічним центром Державної служби України з надзвичайних ситуацій (далі - УкрГМЦ) - з питань обміну оперативною інформацією:
Держатомрегулювання надає до УкрГМЦ інформацію щодо джерела та (за наявності) складу радіоактивного викиду для моделювання атмосферного переносу радіоактивних речовин на основі числових прогнозів погоди із застосуванням онлайн-системи підтримки прийняття рішень в режимі реального часу («Real-time On-line DecisiOn Support system» - RODOS) - РОДОС та забезпечення інформаційного обміну у межах Всесвітньої метеорологічної організації;
УкрГМЦ надає Держатомрегулюванню наявну метеорологічну інформацію для оцінки і прогнозування розвиту аварійних ситуацій, у тому числі ризиків транскордонного впливу, і подальшого інформування Міжнародного агентства з атомної енергії та компетентних органів інших держав згідно з Конвенцією про оперативне оповіщення про ядерну аварію;
Національною Гвардією України, Національною поліцією України, Державною прикордонною службою України з питань захищеності ядерних установок та іншої діяльності у сфері використання ядерної енергії, а також у випадках виявлення радіоактивних матеріалів у незаконному обігу;
з іншими центральними органами виконавчої влади які створюють функціональні підсистеми в рамках єдиної державної системи цивільного захисту.
Оперативна інформація про стан безпеки енергоблоків АЕС щодоби надсилається оперативним черговим Держатомрегулювання до відповідного підрозділу Секретаріату Кабінету Міністрів України. Оперативне оповіщення Секретаріату Кабінету Міністрів України, Ради національної безпеки і оборони України, Служби безпеки України здійснюється телефоном в разі аварій та інцидентів, що характеризуються порушенням меж та/або умов безпечної експлуатації або роботою аварійного захисту реакторної установки з пошкодженням основного обладнання АЕС.
На регіональному рівні Держатомрегулювання взаємодіє через міжрегіональні територіальні органи:
з Радою міністрів Автономної Республіки Крим, обласними, Київською та Севастопольською міськими державними адміністраціями;
територіальними органами Державної служби України з надзвичайних ситуацій та інших центральних органів виконавчої влади, що створюють функціональні підсистеми.
На об’єктовому рівні Держатомрегулювання взаємодіє через територіальні органи:
з комісіями з питань техногенно-екологічної безпеки та надзвичайних ситуацій міст - супутників АЕС;
з комісіями з питань техногенно-екологічної безпеки та надзвичайних ситуацій АЕС;
територіальними органами Державної служби України з надзвичайних ситуацій - з питань державного нагляду за станом пожежної безпеки систем та елементів АЕС, важливих для безпеки АЕС, участі у протиаварійних навчаннях та тренуваннях, які проводяться територіальними органами Державної служби України з надзвичайних ситуацій тощо;
територіальними органами Державної служби України з питань безпечності харчових продуктів та захисту споживачів - з питань надання інформації про дозволений обсяг скидів та викидів радіоактивних речовин АЕС;
територіальними органами Державної служби України з питань праці - з питань державного нагляду за дотриманням чинного законодавства з охорони праці; спеціального розслідування у разі ядерних чи радіаційних аварій;
представниками інших центральних та місцевих органів виконавчої влади, що створюють функціональні та територіальні підсистеми ЄДСЦЗ.