Режими функціонування функціональної підсистеми встановлюються відповідно до статей 11-15 Кодексу цивільного захисту України, заходи з їх реалізації визначаються відповідно до Положення про єдину державну систему цивільного захисту, затвердженого постановою Кабінету Міністрів України від 09 січня 2014 року № 11.
Функціональна підсистема залежно від масштабів і особливостей надзвичайної ситуації, що загрожує або виникла, функціонує в таких режимах:
повсякденного функціонування;
підвищеної готовності;
надзвичайної ситуації;
надзвичайного стану.
Рішення про переведення функціональної підсистеми з одного режиму в інший приймається Головою Держатомрегулювання.