Функціональні можливості Електронного реєстру забезпечують:
унесення до нього відомостей (даних) із первинних документів;
зберігання внесеної до нього інформації;
перевірку своєчасності внесення, достовірності та повноти інформації, що відповідно до законодавства обробляється уповноваженими особами Адміністратора Електронного реєстру;
автоматизацію та верифікацію процесів інформаційної діяльності користувачів Електронного реєстру в інтерактивному режимі реального часу;
захист інформації, що міститься в Електронному реєстрі;
автентифікацію та авторизацію користувачів Електронного реєстру, контроль за походженням і цілісністю електронних даних;
логічний контроль та контроль повноти інформації, що вноситься до Електронного реєстру;
синтаксичний та семантичний контроль, контроль за повнотою файлів інформаційного обміну;
ведення та зберігання системних журналів аудиту роботи користувачів Електронного реєстру, реєстрації роботи програмних засобів, аудиту засобів безпеки, аудиту приймання-передавання інформації;
повідомлення про помилки (проблеми) під час обробки та обміну потоками інформації;
збереження інформаційних ресурсів у спеціальному електронному архіві Адміністратора Електронного реєстру;
конфіденційність, контроль цілісності та достовірності інформації в Електронному реєстрі.