Голова Експертної комісії та його заступники обираються із числа членів Експертної комісії на першому засіданні Експертної комісії шляхом відкритого голосування присутніх членів Експертної комісії простою більшістю голосів.
Для оперативного вирішення питань, що належать до повноважень Експертної комісії, створюється Президія Експертної комісії у складі Голови Експертної комісії, його заступників, секретаря Експертної комісії та можуть створюватись секції з розгляду питань за окремими типами та видами класифікації об’єктів культурної спадщини у складі Голови Експертної комісії, секретаря Експертної комісії та членів Експертної Комісії, обраних на засіданні Експертної комісії.
Персональний склад секцій затверджує Голова Експертної комісії за рішенням Експертної комісії, якщо за таке рішення проголосувало не менше 2/3 персонального складу Експертної комісії.
До функцій Президії Експертної комісії та секцій не належить розгляд документів, що надійшли до МКІП, з питань вилучення пам’ятки з Реєстру та надання висновку про наявність або відсутність підстав вилучення пам’ятки з Реєстру.