Комітет під час виконання покладених на нього завдань взаємодіє з усіма структурними підрозділами митних органів, органами державної влади й місцевого самоврядування, підприємствами, установами, організаціями, у тому числі міжнародними та іноземними, з питань, що належать до його компетенції.