У своїй діяльності Комісія керується Конституцією України, Кодексом законів про працю України, Законами України «Про Бюро економічної безпеки України», «Про державну службу», Дисциплінарним статутом Національної поліції України, затвердженим Законом України від 15 березня 2018 року № 2337-VIII (далі — Дисциплінарний статут Національної поліції України), Положенням про проходження служби особами, які мають спеціальні звання Бюро економічної безпеки України, затвердженим постановою Кабінету Міністрів України від 29 листопада 2022 року № 1333, цим Положенням.