Підставами для виключення інформації про центри трансплантації із системи є:
подання заяви центру трансплантації до адміністратора про припинення надання медичної допомоги методом трансплантації клітин;
внесення до Єдиного державного реєстру юридичних осіб, фізичних осіб - підприємців та громадських формувань запису про державну реєстрацію припинення суб’єкта господарювання.
Виключення інформації про центри трансплантації із системи здійснюється користувачами, які є працівниками Українського центру.