Науково-методичне керівництво та координація робіт зі створення, складання і підготовки до видання Держгідрогеолкарти-200 покладаються на Головну редакційну колегію та спеціальний науково-методичний центр з гідрогеологічного картування та картографування при Департаменті геології та використання надр Міністерства екології та природних ресурсів України.