Робота прокурорів відділів залежно від покладених на них функцій організовується за територіальним або функціональним (предметним) принципом відповідно до розподілу обов’язків, який здійснюється їх начальниками за погодженням із начальниками відповідних управлінь, начальником Департаменту та затверджується заступником Генерального прокурора згідно з розподілом обов’язків між керівництвом Офісу Генерального прокурора.