До структури Департаменту входять:
1) перше управління у складі:
- відділу представництва інтересів держави з питань земельних відносин;
- відділу представництва інтересів органів прокуратури;
2) друге управління у складі:
- відділу представництва інтересів держави у бюджетній сфері;
- відділу захисту інтересів держави з питань банкрутства та відшкодування шкоди, заподіяної кримінальними правопорушеннями;
(Абзац викладено у такій редакції відповідно до наказу Генерального прокурора від 16.11.2020 № 525)
3) третє управління у складі:
- відділу представництва інтересів держави у сфері охорони навколишнього природного середовища;
- відділу представництва інтересів держави з питань державної та комунальної власності;
4) відділ організаційно-аналітичного забезпечення.