Переможець аукціонних торгів у строк до 5 (п'яти) банківських днів повинен сплатити на рахунок біржі належну суму за угодою купівлі-продажу, укладеною на аукціоні.
Біржа проводить обов'язкові розрахунки з бюджетом, а решту коштів перераховує продавцю квоти.
Після повного надходження коштів на рахунок біржі власник придбаної квоти разом з угодою купівлі-продажу, довідкою про реєстрацію підприємства в статорганах України із зазначенням коду ЗУКПО, а також з оригіналом іменного сертифікату з поміткою біржі про продаж квоти протягом 15 днів з дня укладання біржового контракту звертається до МЗЕЗ України для переоформлення іменного сертифікату на ім'я нового власника квоти.