Комісія у своїй діяльності керується Конституцією України, законами України, указами Президента України та постановами Верховної Ради України, прийнятими відповідно до Конституції та законів України, актами Кабінету Міністрів України, нормативно-правовими актами Міністерства освіти і науки України, іншими нормативно-правовими актами у сфері освіти, цим Положенням та наказами Служби, що регламентують її діяльність.
Діяльність Комісії ґрунтується на принципах верховенства права, законності, об’єктивності, відкритості, гласності та колегіальності.