Апеляційну комісію очолює Голова Національного банку. Обов'язки голови Апеляційної комісії в разі його відсутності виконує заступник голови Апеляційної комісії, який є заступником Голови Національного банку, що згідно з розподілом функціональних обов'язків здійснює загальне керівництво Генеральним департаментом банківського нагляду (далі - Генеральний департамент).