Після погодження цих документів ПЗУ входять в установленому порядку з клопотанням до Мінекоресурсів України про затвердження для сторонніх наукових організацій лімітів вилучення природних ресурсів з науковою метою і видачу відповідних дозволів, якщо виконання тем пов'язане з вилученням природних ресурсів. Разом з цим клопотанням щодо вилучення природних ресурсів, яке передбачене планами наукових тем, ПЗУ направляють рішення Рад цих наукових організацій, а також Рад ПЗУ.