При формуванні бюджету ПЗУ на наступний рік фінансування наукової діяльності передбачається: а) на ведення "Літопису природи" за рахунок коштів органу, у підпорядкуванні якого перебуває ПЗУ; б) на виконання наукових тем, які є частинами екологічних наукових програм різних рівнів - за умови надання гарантій фінансування цих робіт організаціями, які є головними виконавцями програм; в) на виконання інших наукових тем - за умови гарантій їх фінансування установами, які затверджують план науково-дослідних робіт (далі - НДР) ПЗУ. Статті видатків на кожну тему розписуються у щорічному виробничо-фінансовому плані.