Загальнодержавні наукові програми наукових досліджень у галузі заповідної справи розробляються НАН України і Мінекоресурсів України. У рамках пріоритетних напрямів, визначених постановою Кабінету Міністрів України від 12.11.97 N 1259 ( 1259-97-п ) "Про вдосконалення державного управління заповідною справою в Україні" і Програмою перспективного розвитку заповідної справи в Україні, затвердженої постановою Верховної Ради України від 22.09.94 N 177/94-ВР ( 177/94-ВР ), наукові відділи розробляють довгострокові теми та програми, які погоджуються науковими кураторами ПЗУ і затверджуються НАН України та Мінекоресурсів України. Для тих ПЗУ, які не належать до НАН України та Мінекоресурсів України, теми і програми додатково затверджуються органом, у підпорядковані якого вони перебувають. Наукова тема може бути також частиною регіональних або загальнодержавних екологічних наукових програм.