Учасниками проведення функціонального аудиту є:
керівник органу виконавчої влади;
служба управління персоналом;
структурний підрозділ уповноважений на проведення функціонального аудиту (у разі визначення);
бухгалтерська служба;
керівники самостійних структурних підрозділів та державні службовці категорії «В», визначені структурою органу виконавчої влади у разі недоцільності утворення окремого структурного підрозділу (далі - керівники самостійних структурних підрозділів).