Функціональний аудит здійснюється з дотриманням таких принципів:
ефективність - результат функціонального аудиту передбачає підготовку пропозицій щодо мінімально необхідної кількості посад для реалізації критичних та актуальних функцій;
неупередженість - функціональному аудиту підлягають функції самостійних структурних підрозділів органів виконавчої влади та посад державної служби категорії «В», визначених структурою органу виконавчої влади у разі недоцільності утворення окремого структурного підрозділу без урахування їх персонального складу, особистого ставлення керівництва та особистих переконань суб’єкта проведення;
обґрунтованість - функціональний аудит здійснюється з урахуванням положення про орган виконавчої влади, положень про самостійні структурні підрозділи або, за їх відсутності, типових положень про структурні підрозділи органів виконавчої влади.