Конфіденційні дані обробляються в ІС ОДС, у якій упроваджено комплексну систему захисту інформації.
Захист електронних інформаційних ресурсів органів державної статистики, до яких забезпечується вільний доступ користувачів інформації, здійснюється за вимогами, установленими комплексною системою захисту інформації (далі - КСЗІ) офіційного вебсайту Держстату та вебсайтів його територіальних органів.
Організаційне забезпечення завдань керування КСЗІ та здійснення контролю за її функціонуванням в органах державної статистики реалізують позаштатні служби захисту інформації, що діють з урахуванням положень Закону України «Про захист інформації в інформаційно-комунікаційних системах», постанови Кабінету Міністрів України від 29 березня 2006 року № 373 «Про затвердження Правил забезпечення захисту інформації в інформаційних, електронних комунікаційних та інформаційно-комунікаційних системах» та інших законодавчих та підзаконних актів щодо захисту інформації.