Захист конфіденційних даних під час обробки в ІС ОДС від загроз їх розкриття, запобігання порушення цілісності й доступності статистичної інформації забезпечується шляхом застосування відповідних заходів, засобів і методів безпеки. Вони охоплюють усі зазначені вище компоненти ІС ОДС, ураховують їх характеристики й умови функціонування, які здійснюють вплив на реалізацію захисту конфіденційних даних.