Оцінка проводиться Комісією в такому порядку:
1) оцінка стану забезпечення незалежності Національного агентства та надання йому необхідних ресурсів (об’єкт оцінки, визначений підпунктом 1 пункту 8 цієї Методики);
2) оцінка та прийняття рішення щодо кожного критерію за кожним з об’єктів оцінки, визначених підпунктами 2-9 пункту 8 цієї Методики, як такого, що є досягнутим чи не досягнутим;
3) визначення співвідношення досягнутих та не досягнутих критеріїв за кожним з об’єктів оцінки, визначених підпунктами 2-9 пункту 8 цієї Методики, без урахування критеріїв, яких не було досягнуто через дії, бездіяльність чи прийняті рішення іншими суб’єктами або через надзвичайну чи невідворотну за певних умов подію (непереборна сила), а також критеріїв, щодо яких Комісія не мала достатньої інформації для прийняття рішення стосовно їх досягнення;
4) оцінка загальної ефективності діяльності Національного агентства.