Для проведення оцінки Комісія застосовує такі методи:
1) базове анкетування.
Комісія готує і надсилає до Національного агентства, а також інших визначених Комісією заінтересованих сторін базову оцінювальну анкету для отримання інформації про об’єкти проведення оцінки, зазначені у пункті 8 цієї Методики (зокрема про діяльність, результати діяльності Національного агентства, наслідки і вплив його роботи, оцінку потенціалу і викликів Національного агентства, а також про рівень виконання завдань, визначений за показниками, що характеризують його роботу);
2) інтерв’ю.
Комісія проводить інтерв’ю з визначеними нею заінтересованими сторонами, до яких, зокрема, можуть належати:
керівництво та інші працівники Національного агентства;
керівництво та інші працівники інших спеціально уповноважених суб’єктів у сфері протидії корупції;
члени комітету Верховної Ради України, до предмета відання якого віднесені питання формування та реалізації антикорупційної політики;
члени Громадської ради при Національному агентстві та представники інших громадських організацій;
експерти з антикорупційних питань і належного урядування, науковці;
представники донорських організацій та проектів міжнародної технічної допомоги, дипломатичних місій;
інші заінтересовані сторони;
3) можливість обговорення у форматі фокус-груп, яке проводиться Комісією з працівниками Національного агентства та/або іншими заінтересованими сторонами, визначеними Комісією;
4) аналіз інформації.
Комісія проводить аналіз та узагальнення інформації, отриманої за результатами базового анкетування, інтерв’ю та обговорення у форматі фокус-груп, а також іншої інформації про об’єкти проведення оцінки, зазначені у пункті 8 цієї Методики (зокрема вивчає звіти та інші матеріали про стан корупції в Україні, діяльність Національного агентства та інших спеціально уповноважених суб’єктів у сфері протидії корупції);
5) аналіз матеріалів перевірок та інших контрольних або моніторингових заходів.
Комісія проводить аналіз окремих матеріалів перевірок, контрольних, моніторингових та інших визначених законодавством заходів, віднесених до повноважень Національного агентства, вжитих/реалізованих ним у період, щодо якого проводиться оцінка, зокрема щодо:
здійснення контролю та перевірки, у тому числі повної, декларацій осіб, уповноважених на виконання функцій держави або місцевого самоврядування, а також моніторингу способу життя суб’єктів декларування;
здійснення моніторингу та контролю за виконанням актів законодавства з питань запобігання та врегулювання конфлікту інтересів;
здійснення державного контролю за дотриманням установлених законом обмежень щодо фінансування політичних партій, законним та цільовим використанням політичними партіями коштів, виділених з державного бюджету на фінансування їх статутної діяльності, своєчасністю подання звітів партій про майно, доходи, витрати і зобов’язання фінансового характеру, звітів про надходження і використання коштів виборчих фондів на загальнодержавних та місцевих виборах, повнотою таких звітів, звіту зовнішнього незалежного фінансового аудиту діяльності партій, відповідністю їх оформлення встановленим вимогам, достовірністю включених до них відомостей; затвердження розподілу коштів, виділених з державного бюджету на фінансування статутної діяльності політичних партій;
захисту викривачів;
погодження антикорупційних програм державних органів, органів влади Автономної Республіки Крим, органів місцевого самоврядування;
перевірки організації роботи із запобігання і виявлення корупції в органах державної влади та органах місцевого самоврядування відповідно до Закону.
З метою забезпечення проведення всебічної оцінки Національне агентство формує первинний перелік справ (матеріалів перевірок чи інших контрольних або моніторингових заходів, вжитих Національним агентством) за кожною категорією, зокрема визначеною абзацами другим - восьмим цього підпункту, що здійснювалися та були завершені у період, щодо якого проводиться оцінка, Національне агентство подає зазначений перелік Комісії протягом десяти робочих днів з дня надходження відповідного запиту від Комісії.
Комісія відбирає для аналізу не менше однієї справи (матеріалів перевірок чи інших контрольних або моніторингових заходів, вжитих Національним агентством) за кожною категорією, зокрема визначеною абзацами другим - восьмим цього підпункту, на підставі первинного переліку справ, поданого Національним агентством. Національне агентство надає Комісії справи (матеріали перевірок чи інших контрольних або моніторингових заходів, вжитих Національним агентством), відібрані Комісією для проведення аналізу, протягом п’яти робочих днів з дня надходження відповідного запиту від Комісії.
Комісія у такому ж порядку може проводити аналіз справ за іншими категоріями, якщо вони мають вплив на оцінку.