Критеріями управління та організаційної спроможності Національного агентства є:
1) відсутність суттєвих обґрунтованих зауважень до структури та штатного розпису Національного агентства;
2) запровадження розподілу обов’язків між Головою Національного агентства, його заступниками та керівниками структурних підрозділів Національного агентства різного рівня, який не викликає суттєвих обґрунтованих зауважень;
3) інституційна спроможність Національного агентства дає змогу органу бути незалежним на практиці;
4) затвердження стратегії інституційного розвитку, яка розроблена за результатами проведення належного аналізу попередніх результатів діяльності та передбачає моніторинг її реалізації відповідно до вимірюваних показників;
5) затвердження та реалізація комунікаційної стратегії, що є доречною, скоординованою з іншими заінтересованими сторонами. Національним агентством проводиться регулярний аналіз ефективності комунікаційної стратегії та в разі потреби вносяться зміни до неї;
6) запровадження і належне функціонування електронної системи управління справами (e-case management) та електронної системи документообігу (як самостійна система або як складова системи управління справами);
7) налагодження між структурними підрозділами Національного агентства належної взаємодії та обміну інформацією, зокрема щодо виявлених ознак порушень або з метою проведення контролю, перевірок, заходів моніторингу;
8) демонстрація Головою Національного агентства високого рівня знань, професіоналізму, лідерства та відданості роботі, що мотивує підлеглих і є прикладом доброчесності;
9) демонстрація заступниками Голови та керівництвом структурних підрозділів Національного агентства високого рівня знань, професіоналізму, лідерства та відданості роботі, що мотивує підлеглих і є прикладом доброчесності;
10) здійснення Головою Національного агентства та його заступниками у випадках неналежного втручання у діяльність Національного агентства дієвих заходів реагування на них;
11) нормативно-правові акти Національного агентства є якісними та відповідають законам;
12) затвердження Головою Національного агентства положення про відкритий конкурс у Національному агентстві та відсутність суттєвих обґрунтованих зауважень до нього;
13) здійснення добору персоналу Національного агентства відповідно до вимог законодавства. Конкурси на зайняття вакантних посад державної служби проводяться відкрито та прозоро;
14) відсутність будь-яких обставин, які б свідчили про недостатній рівень безсторонності членів конкурсних комісій під час проведення відкритих конкурсів;
15) включення представників Громадської ради до складу конкурсних комісій;
16) приділення конкурсною комісією під час проведення відкритих конкурсів належної уваги оцінці професійності, компетентності та доброчесності кандидатів на посади;
17) призначення Головою Національного агентства заступників Голови, керівника апарату та заступника керівника апарату без будь-якого зовнішнього втручання;
18) відсутність даних, які свідчать про зовнішнє втручання під час призначення або звільнення працівників Національного агентства;
19) середня кількість вакансій у період, щодо якого проводиться оцінка, не перевищує 20 відсотків затвердженої штатної чисельності;
20) визначення оплати праці працівників Національного агентства здійснюється згідно із законодавством, а нарахування премій, надбавок, інших додаткових виплат - на основі об’єктивних критеріїв;
21) проведення періодичної оцінки потреб професійної підготовки (підвищення кваліфікації) персоналу;
22) проходження працівниками Національного агентства періодично, принаймні кожних два роки підвищення кваліфікації та вдосконалення власних знань і навичок з урахуванням планів особистісного розвитку та результатів оцінки потреб професійної підготовки (підвищення кваліфікації);
23) забезпечення працівників Національного агентства чіткими інструкціями щодо виконання ними своїх завдань;
24) відсутність випадків, що свідчать про суттєве порушення Національним агентством законодавства про публічні закупівлі чи бюджетного законодавства, які призвели або можуть призвести до значних збитків;
25) забезпечення належного проведення оцінки корупційних ризиків та повноцінне врахування її результатів під час розроблення та затвердження власної антикорупційної програми;
26) формування та забезпечення функціонування підрозділу внутрішнього контролю, який має достатню кількість персоналу;
27) результативність та безсторонність діяльності підрозділу внутрішнього контролю Національного агентства щодо забезпечення доброчесності працівників Національного агентства, дотримання ними вимог Закону;
28) забезпечення підрозділом внутрішнього контролю Національного агентства належного реагування на повідомлення, звернення чи заяви про правопорушення з боку працівника Національного агентства;
29) визначення Головою Національного агентства порядку проведення перевірок на доброчесність щодо працівників Національного агентства, який ефективно застосовується;
30) визначення Головою Національного агентства порядку проведення моніторингу способу життя працівників Національного агентства, який ефективно застосовується;
31) визначення Головою Національного агентства порядку проведення повних перевірок декларацій працівників Національного агентства, який ефективно застосовується;
32) забезпечення підрозділом внутрішнього контролю Національного агентства ефективного проведення перевірок декларацій працівників та моніторингу їх способу життя;
33) забезпечення підрозділом внутрішнього контролю Національного агентства ефективного проведення перевірок на доброчесність щодо працівників Національного агентства;
34) повне та об’єктивне здійснення дисциплінарних проваджень;
35) створення дисциплінарної комісії, яка діє професійно, об’єктивно та безсторонньо;
36) включення представників Громадської ради до складу дисциплінарної комісії, утвореної у Національному агентстві;
37) вжиття дієвих заходів у межах законодавства щодо працівників Національного агентства, які не пройшли перевірку на доброчесність або мали суттєві розбіжності між способом життя і законними доходами;
38) належне функціонування підрозділу запобігання корупції, який має достатню кількість персоналу;
39) визначення для працівників Національного агентства стандартів доброчесності та етичної поведінки, що доведені до відома кожного;
40) отримання працівниками Національного агентства консультацій з питань доброчесності, дотримання вимог антикорупційного законодавства та стандартів етичної поведінки;
41) регулярне проходження працівниками Національного агентства навчання з питань доброчесності, дотримання вимог антикорупційного законодавства та стандартів етичної поведінки;
42) долучення Голови Національного агентства та його заступників до розроблення та впровадження заходів з дотримання стандартів доброчесності та етичної поведінки працівників Національного агентства;
43) відсутність випадків видання Головою Національного агентства чи його заступниками незаконних наказів, розпоряджень чи доручень;
44) наявність дієвих внутрішніх каналів для сповіщення уповноваженими особами Національного агентства про випадки внутрішнього (у межах Національного агентства) або зовнішнього втручання в їх діяльність;
45) забезпечення ведення та функціонування Єдиного державного реєстру осіб, які вчинили корупційні або пов’язані з корупцією правопорушення;
46) забезпечення ведення та функціонування Єдиного державного реєстру декларацій осіб, уповноважених на виконання функцій держави або місцевого самоврядування;
47) забезпечення ведення та функціонування Єдиного державного реєстру звітності політичних партій про майно, доходи, витрати і зобов’язання фінансового характеру;
48) оприлюднення у формі відкритих даних на Єдиному державному веб-порталі відкритих даних відомостей з реєстрів (крім інформації з обмеженим доступом), володільцем яких є Національне агентство;
49) забезпечення побудови та атестації комплексних систем захисту інформації реєстрів, інших інформаційно-телекомунікаційних систем Національного агентства, належне функціонування служби захисту інформації;
50) розбудова функціональних структурних підрозділів з професійним та доброчесним персоналом;
51) розбудова допоміжних структурних підрозділів з професійним та доброчесним персоналом;
52) визначення особи, яка проводить внутрішній аудит;
53) оперативне реагування Головою Національного агентства на недоліки, виявлені за результатами проведення внутрішнього аудиту, та здійснення заходів щодо їх усунення;
54) розгляд питань про створення територіальних органів Національного агентства та за результатами аналізу прийняття обґрунтованого рішення щодо їх створення або відсутності такої необхідності;
55) утворення у разі потреби територіальних органів Національного агентства, що повноцінно функціонують та були укомплектовані достатньою кількістю працівників;
56) визначення порядку здійснення автоматизованого розподілу перевірок між уповноваженими особами Національного агентства, який дає змогу забезпечити випадковість розподілу;
57) належне функціонування без несанкціонованого втручання системи автоматизованого розподілу перевірок між уповноваженими особами Національного агентства.