Зразки поверхневої води відбирають якомога ближче до місць, де ростуть рослини-господарі, у такий спосіб:
зразки води відбирають з глибини не менше ніж 30 см і за можливості на відстані до 2 м від берега. Під час обстежень проби відбирають щонайменше у трьох місцях на відстані 3 км за течією річки, а також забезпечуючи відбір проб з усіх притоків, що впадають до річки;
від очищених стічних вод проби відбирають на місці скиду. Розмір зразка для однієї точки відбору не повинен перевищувати 500 мл. Якщо відбирається менший зразок, необхідно відібрати три зразки на кожне місце відбору з двох рівних проб об’ємом не менше ніж 30 мл кожен;
відібрані зразки повинні запаковуватися у світлонепроникні стерильні ємності та транспортуватися за температури від +4 °C до +10 °C.