Для діагностики аспергільозу застосовують реакції імунної флуоресценції, преципітації, зв’язування комплементу, імуноелектрофорезу, імуноферментний аналіз. Позитивно зарекомендували себе також алергічні проби. Можна визначати вміст афлатоксину в кормі, що викликає підозру. Для цього середній зразок корму екстрагують органічними розчинниками, після грубого очищення екстракту його випарюють і піддають хроматографічному аналізу. Вміст токсину в зразку визначають шляхом порівняння кількості токсину, виділеного із зразка, з кількістю токсину в стандартному розчині.
Токсичність корму визначають, згодовуючи його курчатам, качкам, голубам та іншим тваринам, тобто ставлять біопробу.