Захворювання перебігає гостро, підгостро, хронічно та субклінічно (латентно).
Інкубаційний період залежно від вірулентності збудника та резистентності макроорганізму триває від кількох годин до 2-3 діб.
Колібактеріоз птиці перебігає у септичній, ентеротоксемічній та ентеритній формах. При останніх двох формах збудник локалізується тільки у шлунково-кишковому тракті та лімфовузлах брижжі кишківника, регіональних уражених ділянках кишківника.
Гострий перебіг захворювання характеризується пригніченням, втратою апетиту, спрагою, діареєю, загибель птиці настає протягом кількох годин. У водоплавної птиці можливі кон’юнктивіт та нервові явища.
У молодняка курей, качок та індиків м’ясних порід зустрічається респіраторна форма колісептицемії, при якій спостерігають сльозотечу, кон’юнктивіт, ускладнене дихання, чхання, хрипи, кашель.
При хронічному перебігу відзначають симптоми, подібні до гострого, але менше вираженого, а також можливе набрякання суглобів, панофтальміт, набрякання голови.
Також реєструється генітальна форма колібактеріозу, для якої характерне запалення жовткового мішка у молодняка в перші дні життя, а у дорослої птиці спостерігаються зниження чи припинення яйцекладки, запалення суглобів (артрити).
Кишкова форма колібактеріозу супроводжується порушенням функцій шлунково-кишкового тракту - пронос, сильна спрага, відсутність апетиту, зневоднення організму птиці тощо.
Значна кількість перехворілої птиці стає латентним носієм ешерихій, залишаючись тривалий час джерелом інфекції, отримані від неї яйця будуть контаміновані.