У разі виникнення підозри щодо захворювання на ВХС у будь-якому господарстві у зв’язку з виявленням клінічних проявів захворювання слід відібрати зразки від свиней, що мають ці прояви, з метою підтвердження або виключення наявності захворювання та диференційної діагностики насамперед з вірусом ящура.
Зразки для лабораторних досліджень беруться з епітелію та везикулярної рідини з неушкоджених та щойно розірваних везикул від свиней, в яких проявляються клінічні ознаки хвороби та може бути виявлена наявність ВХС, його антитіл чи антигену. Рекомендовано відбір проб від п’яти-шести свиней.
У разі, якщо зразки епітелію та везикулярної рідини відібрано в недостатній кількості, слід відібрати зразки крові від свиней, які підозрюються на захворювання, для серологічних досліджень.