Діагноз на ВХС вважається встановленим у разі:
отримання позитивних результатів лабораторних досліджень біологічного та/або патологічного матеріалу, зразків проб довкілля (екскременти, підлога, підстилка, ґрунт тощо) з використанням полімеразно-ланцюгової реакції (далі - ПЛР) в уповноважених лабораторіях ветеринарної медицини;
виділення вірусу ВХС;
виявлення антитіл до вірусу ВХС серологічними методами (ELISA) від невакцинованих свиней без характерних клінічних ознак захворювання, але з характерними патолого-анатомічними змінами;
виявлення серологічними методами антитіл до вірусу ВХС у свиней з характерними для ВХС клінічними ознаками, які мають прямий зв’язок із підтвердженим спалахом захворювання (неблагополучним пунктом).
Для встановлення діагнозу в стадах, в яких серологічними методами виявлено антитіла до ВХС, компетентний орган (перед тим як підтвердити присутність збудника ВХС) проводить повторний відбір зразків біологічного матеріалу з інтервалом 28 календарних днів між відборами проб (між першим та повторним). Якщо подальше розслідування не дає підтвердження наявності збудника ВХС методом ПЛР, а свині залишаються серопозитивними, компетентний орган забезпечує забій свиней під наглядом у визначеній бойні, підпорядкованій певній адміністративній території. Забій проводиться окремо від забою здорових тварин, продукти забою від таких свиней слід реалізовувати на переробку, що гарантує знищення вірусу ВХС.
Молекулярна характеристика геному вірусу ВХС проводиться в Державному науково-дослідному інституті з лабораторної діагностики та ветеринарно-санітарної експертизи (далі - ДНДІЛДВСЕ).