Облік військових перевезень водним транспортом здійснюється установами військових сполучень залежно від підпорядкованості на підставі:
актів організаційно-розпорядчого характеру Міністерства оборони України, Генерального штабу Збройних Сил України щодо виконання військових перевезень водним транспортом;
планів військових перевезень водним транспортом, графіків виконання військових перевезень водним транспортом і графіків постановки суден під військові перевезення водним транспортом на басейні;
договорів з власниками засобів водного транспорту;
доповідей, донесень та звітів про виконання військових перевезень водним транспортом установами військових сполучень (крім комендатур військових сполучень).