Планування військових перевезень водним транспортом здійснюється на підставі заявок штабів видів Збройних Сил України, оперативних командувань, структурних підрозділів Міністерства оборони України, Генерального штабу Збройних Сил України та підпорядкованих їм органів військового управління, наданих до ЦУВІСП згідно з актами організаційно-розпорядчого характеру Міністерства оборони України, Генерального штабу Збройних Сил України.