Планування, контроль та управління військовими перевезеннями водним транспортом здійснюються Генеральним штабом Збройних Сил України через такі органи військових сполучень:
1) Центральне управління військових сполучень (далі - ЦУВІСП) - безпосередньо на всіх внутрішніх та зовнішніх шляхах сполучення;
2) установи військових сполучень на морському та річковому транспорті:
управління військових сполучень на морському та річковому транспорті - на всіх морських та внутрішніх водних шляхах;
комендатури військових сполучень - у межах встановлених водних ділянок (портів).