Взаємодія сторін здійснюється на основі таких принципів:
єдиний підхід до реалізації державної політики у сфері запобігання і ліквідації НС, пов’язаних з інфекційними захворюваннями та отруєннями сільськогосподарських тварин;
пріоритет захисту життя і здоров’я населення від інфекційних хвороб, спільних для тварин і людини, збереження поголів’я сільськогосподарських тварин та мінімізація економічних наслідків надзвичайних ситуацій;
єдині підхід та критерії аналізу причин та умов виникнення і поширення інфекційних хвороб тварин, участі в ліквідації осередків інфекційних хвороб, спільних для тварин і людей, профілактики та боротьби з такими хворобами.