Контроль за дотриманням спеціалістами поліграфа вимог законодавства, матеріально-технічне та методичне забезпечення їх роботи покладаються на керівників органів та підрозділів Держприкордонслужби, у яких проходить службу (працює) спеціаліст поліграфа.
Контроль якості проведення опитувань спеціалістами поліграфа здійснює структурний підрозділ Адміністрації Держприкордонслужби, до компетенції якого належить питання організації поліграфологічних досліджень.