Організація стажування слухачів покладається на ректора Академії. На підставі розпорядження Адміністрації Держприкордонслужби не пізніше ніж за місяць до початку проходження слухачами стажування ректор Академії видає наказ, яким визначається завдання керівникам відповідних підрозділів Академії щодо організації стажування, посади в ООДК, стажування на яких організовано, завдання щодо відрядження слухачів та керівників стажування від Академії (за потреби) до ООДК, організація здійснення контролю проходження стажування посадовими особами Академії, строк проведення захисту результатів практичної підготовки та склад комісії із захисту результатів стажування слухачів (далі - комісія).
До роботи комісії, крім науково-педагогічних працівників профільних кафедр та факультетів Академії, можуть залучатися представники Адміністрації Держприкордонслужби, регіональних управлінь Держприкордонслужби, ООДК.
Ректор Академії організовує та контролює:
своєчасне розроблення факультетами, кафедрами програм стажування;
розподіл слухачів для проходження стажування;
проведення організаційно-методичних інструктажів слухачів з питань проходження стажування;
забезпечення слухачів програмами проходження стажування;
узагальнення витягів з наказів ООДК щодо організації в них стажування слухачів;
проведення захисту результатів стажування;
узагальнення результатів стажування.