Проведення дослідження передбачає дотримання таких основних принципів:
добровільності - дослідження проводиться лише за умови отримання від суб’єкта дослідження добровільної згоди на участь у проведенні дослідження.
Суб’єкт дослідження має право в будь-який момент відмовитися від участі у проведенні ПДЗП, не надавати пояснень щодо виникнення у нього тих чи інших реакцій, що не може свідчити про наявність прихованої інформації, а також призводити до обмеження його законних прав, свобод та інтересів, а також дискримінації;
правомірності - ПДЗП проводиться тільки за наявності відповідного завдання ініціатора дослідження та в межах визначеного в завданні орієнтовного переліку питань;
всебічного забезпечення прав і свобод людини - невтручання під час дослідження у приватне і сімейне життя, відсутність посягань на свободу думки, совісті й релігії, вираження поглядів, задекларованих положеннями Конвенції про захист прав людини і основоположних свобод. Поліграфолог повинен запобігати можливим негативним наслідкам своєї професійної діяльності і не допускати будь-яких дій, що загрожують недоторканності особи, завдають шкоди діловій репутації або принижують честь і гідність людини;
професійної незалежності - під час проведення дослідження із використанням поліграфа поліграфолог є незалежним від будь-якого впливу, тиску чи втручання у його професійну діяльність. Поліграфолог самостійно готує перелік питань відповідно до викладеного у завданні орієнтовного переліку та обирає методику, яка відповідає меті дослідження.