Загальне керівництво підготовкою НПНК, координацію тематики дисертаційних досліджень із загальних основ теорії охорони державного кордону, оперативного мистецтва та розвитку Державної прикордонної служби України здійснює перший заступник Голови Державної прикордонної служби України - директор Департаменту охорони державного кордону через інформаційно-аналітичне управління.
Перший заступник Голови Державної прикордонної служби України - директор Департаменту по роботі з особовим складом за погодженням з управлінням кадрів Адміністрації Держприкордонслужби організовує та контролює комплектування ад'юнктури і докторантури, планує розподіл офіцерів, які закінчили ад'юнктуру або докторантуру.
Управління професійної підготовки Департаменту по роботі з особовим складом здійснює планування і контролює підготовку НПНК в ад'юнктурі і докторантурі.
Міністерство освіти і науки України здійснює науково-методичне керівництво та контроль за діяльністю ад'юнктури і докторантури в НАДПСУ.