Під дискордантними результатами слід розуміти результати лабораторних досліджень однієї і тієї самої проби досліджуваного матеріалу, отримані різними методами, які суттєво відрізняються або суперечать один одному.
Для мінімізування кількості випадків отримання дискордантних результатів дослідження важливо ретельно аналізувати кожний такий випадок з урахуванням можливих причин їх отримання.
Наявність дискордантних результатів може бути пов’язана з різними чинниками. Якщо молекулярно-генетичними методами виявлено ДНК збудника ТБ, а за допомогою бактеріоскопії із тієї самої проби отримано негативний результат, це може бути пояснено більш високою чутливістю методу ПЛР порівняно з бактеріоскопією. Випадки відсутності росту мікобактерій за позитивного результату ПЛР можуть бути пояснені присутністю в пробі нежиттєздатних бактерій, наприклад, після антибіотикотерапії. Разом з тим можуть бути випадки, коли методом ПЛР мікобактерії не виявлені, а за допомогою культурального методу отримано ріст мікроорганізмів. Одним із варіантів пояснення може бути наявність у матеріалі НТМБ, які не будуть виявлені молекулярними методами, оскільки праймери підібрані, так що виявляють тільки M. tuberculosis complex.
Можуть бути і дискордантні результати щодо чутливості мікроорганізмів до ПТП. Слід пам’ятати, що, напід часклад, з геном rpoB пов’язують близько 95,0 % випадків резистентності до R, до 5,0 % випадків резистентності можуть бути пов’язані з мутаціями в інших локусах геному. Аналогічна ситуація стосується й інших препаратів. Потрібно врахувати і той факт, що ПЛР забезпечує скринінг послідовностей нуклеїнових кислот, а не амінокислот. Деякі мутації можуть не призводити до заміни амінокислоти («мутації, що мовчать»), тому результат може не збігатися з результатами фенотипових методів.
Якщо в досліджуваній пробі містяться гетерозиготні штами або суміш M.tuberculosis complex, або туберкульозних та НТМБ, то результати, отримані в ПЛР, можуть відрізнятися від результатів бактеріологічних досліджень.
Крім того слід пам’ятати, що такі результати можуть бути отримані у разі дослідження різних зразків (наприклад, перша проба тестувалася бактеріологічними методами, а друга - ПЛР), у разі неправильного відбору хворих (не інформативним є дослідження матеріалу від осіб, що вживали ПТП).