Організація та здійснення комплексного дослідження матеріалу із застосуванням системи GeneXpert MTB/RIF (GeneXpert MTB/RIF ULTRA). Лабораторні дослідження біологічного матеріалу потрібно проводити в комплексі: бактеріоскопічні, бактеріологічні та молекулярно-генетичні. Тому вимоги для зберігання та транспортування зразків є такими, як для проб, що підлягають бактеріологічному дослідженню, тобто у разі неможливості доставити матеріал негайно він може зберігатися до 48 год за температури (+4 ± 2) о С і транспортуватися з дотриманням указаних температурних умов.
Прилад GeneXpert не потребує окремого приміщення. Оскільки прилад GeneXpert є закритою системою і працює тільки з картриджами Xpert, у яких автоматично відбуваються всі етапи ПЛР-дослідження без втручання персоналу. Усі маніпуляції з дослідним матеріалом від виділення ДНК мікроорганізмів до детекції результатів ампліфікації відбуваються в закритому, окремому для кожного зразка картриджі. Вимога ДСП 9.9.5.153-2008 поширюється на лабораторії, в яких використовуються методики, що передбачають виконання окремих етапів ПЛР-дослідження (виділення ДНК, ампліфікація, детекція) персоналом лабораторії за допомогою «відкритих» ПЛР-систем - і щодо обладнання, і щодо реагентів.
Система GeneXpert MTB/RIF може працювати під час дослідження матеріалу від осіб, які не отримували ПТП. Тому метод може бути використаний як скринінговий для виявлення M. tuberculosis complex та мутацій у гені rpoB, з яким пов’язують резистентність мікобактерій до R. Така лабораторна інформація дає можливість на ранніх етапах діагностики виявити у відповідному матеріалі збудника туберкульозної інфекції та попередити фтизіатра щодо наявності у М. tuberculosis резистентності до ПТП 1-го ряду. Разом з тим слід пам’ятати, що результати тестування в картриджах Xpert MTB/RIF є попередніми і не можуть замінити подальшого бактеріологічного дослідження.
Для дослідження в картриджах Xpert MTB/RIF за інструкцією виробника може досліджуватись мокротиння або його осад. Для інших видів матеріалу методика не валідована.
Для отримання коректного результату дослідження та враховуючи те, що в Україні дослідження з використанням приладів GeneXpert MTB/RIF проводяться в комплексі з посівами на рідке середовище за допомогою системи ВАСТЕС MGIT 960, які встановлені в лабораторіях 3-го рівня, доцільно працювати з осадами мокротиння після проведення їх передпосівної обробки (деконтамінації).
Після оцінення якості доставленого мокротиння (якість проби та заповнення документів) контейнер з матеріалом переносять у ШББ 2 класу і проводять його деконтамінацію з використанням NALC-NaOH відповідно до методики.
Із ресуспендованого осаду однієї проби потрібно зробити наступне:
посіяти 0,5 мл осаду до пробірки з рідким середовищем Мідлбрукка 7Н9 для інкубації в аналізаторі ВАСТЕС MGIT 960;
посіяти 0,2 мл до пробірки зі щільним середовищем Левенштейна-Єнсена і помістити до термостата за температури +37 о С;
якщо лабораторія за будь-яких причин не може виконати дослідження за допомогою системи ВАСТЕС MGIT 960, потрібно зробити посів на 2 пробірки із середовищем Левенштейна-Єнсена по 0,2 мл. Подальші маніпуляції з посівами слід виконувати відповідно до вимог Інструкції з лабораторної діагностики ТБ;
дослідний матеріал потрібно нанести на скельце з метою приготування та фарбування мазка за методом Ціля-Нільсена для світлової бактеріоскопії;
помістити до чистої пробірки з кришкою, що загвинчується, 0,5 мл деконтамінованого осаду для попередньої підготовки проби з метою дослідження в картриджі Xpert MTB/RIF. Відповідно до інструкції виробника картриджів до 0,5 мл осаду слід додати 1,5 мл реактиву для зразків. Енергійно перемішати і залишити для інкубації у штативі у ШББ за кімнатної температури впродовж 15 хв. За цей проміжок часу потрібно 1-2 рази ретельно перемішати вміст пробірки. Після експозиції перенести 2,0 мл суміші до картриджа Xpert MTB/RIF, помістити його в аналізатор GeneXpert MTB/RIF і запустити відповідну програму виконання тесту.
Якщо не вдалося отримати результат дослідження з цією пробою (Error чи NO Result), потрібно повторити дослідження, використавши збережені залишки матеріалу з цієї самої пробірки.
За відсутності залишків проби або у разі отримання результату «недійсний» (invalid), потрібно повторно зібрати матеріал для дослідження і повторити всю низку маніпуляцій, описаних вище.
Після отримання достовірного результату тестування у картриджі Xpert MTB/RIF, його потрібно занести до Журналу ТБ 04/2 та видати відповідь лікарю-фтизіатру, який направив матеріал.