Для внутрішнього контролю якості (далі - ВКЯ) як позитивний контроль слід використовувати штам M. tuberculosis, а як негативний - M. bovis.
ВКЯ ніацинового тесту проводиться щоразу під час проведення тестування. Як позитивний контроль використовують ідентифікований або референс-штам (музейний) M. tuberculosis. Як негативний контроль використовують ідентифікований або референс-штам (музейний) НТМБ, наприклад, M. fortuitum, або дистильовану воду. Слід переконатися в чистоті дослідних штамів, строго дотримуватися правил зберігання і термінів використання розчинів, реагентів і паперових смужок.