Під час диференціації мікобактерій, крім використання комплексу тестів, застосованих під час вивчення НТМБ культур, потрібно користуватися обов’язковими ключови тестами для диференціації окремих видів мікобактерій (додаток 4), проведення яких полегшує ідентифікацію культур.
Для клініки особливе значення мають такі види НТМБ: M. kansasii, M. marinum, M. scrofulaceum, M. xenopi, M. avium, M. intracellularae, M. fortuitum.
Для НТМБ, крім зазначених особливостей (швидкості росту, пігментоутворення, морфології колоній і паличок, температурного оптимуму), характерними є негативна ніацинова проба, відсутність пероксидазної активності в разі високої активності каталази, виражена термостабільність каталази у більшості мікобактерій, ріст на живильних середовищах із ПНБК і саліциловокислим натрієм, відсутність у більшості випадків корд-фактора. Характерною для НТМБ також є первинна стійкість до більшості ПТП. Для диференціації M. tuberculosis і M. bovis від НТМБ, відмінності їх один від одного, а також для розрізнення НТМБ всередині груп є основні тести для відрізнення M. tuberculosis, M. bovis від інших мікобактерій (додаток 5).
З усіх наведених методик дослідження жодна сама собою не може відповісти на запитання про належність штаму до одного із видів. Тільки їх комплексне застосування дає можливість правильно ідентифікувати виділені культури. Під час ідентифікації бактеріологи повинні дати відповідь на питання, чи є виділені мікроорганізми мікобактеріями, а якщо так,- до якого виду вони належать.