У бактеріологічних лабораторіях II-III рівнів має проводитися попередня ідентифікація комплексу M. tuberculosis (родова ідентифікація).
Основою ідентифікації є такі характеристики:
швидкість росту бактерій довше ніж 10 днів;
морфологія і забарвлення колоній;
результати дослідження мазків, приготованих із виділеної культури й забарвлених за методом Ціля-Нільсена.
Під час перегляду посівів проводиться вивчення усіх культур, що виросли. На підставі морфологічних ознак колоній здійснюється попередній розподіл культур на ті, що належать до M. tuberculosis complex, нетуберкульозні мікобактерії та споріднені таксони.
Колонії M. tuberculosis на більшості живильних середовищ виглядають сухими, світло-кремового кольору, шорсткими (R-форма), товстими, піднятими в центрі, з вузлуватою або зморшкуватою поверхнею і нерівними краями (нагадують цвітну капусту).
На деяких живильних середовищах (Фінна-II, ліофілізованому середовищі Левенштейна-Єнсена) або під час обробки діагностичного матеріалу 1,0 % розчином сірчаної кислоти (без подальшої нейтралізації) колонії виглядають напівкулястими, гладкими (S-форма), м’якими, вологими, іноді злегка складчастими. Ріст культури M. tuberculosis характеризується як пишний - еугонічний. Після курсу хіміотерапії від хворих на ТБ можуть виділятися гладкі колонії з вологим ростом (S-форми).
M. bovis на середовищі Левенштейна-Єнсена показує дисгонічний ріст, що стелиться.
Колонії більшості нетуберкульозних мікобактерій морфологічно не схожі з M. tuberculosis. Сапрофітні мікобактерії можуть варіювати за формою колоній. Вони бувають гладкі, круглі, вологі, блискучі, куполоподібні, маслянисті. Добре емульгуються у воді. Іноді можуть мати проміжну форму. Колонії кремового кольору М. fortuitum, M. chelonae, М. kansasii і М. terrae complex бувають сухі і зморшкуваті, тому їх іноді помилково приймають за M. tuberculosis. Забарвлення колоній НТМБ може бути від білого, тілесного і кремового кольорів до світло-жовтого, жовтого і помаранчевого. Ріст культури НТМБ може бути пишним або таким, що стелиться, і мати випіт, тобто може бути дисгонічним.
Морфологічно колонії споріднених мікроорганізмів відрізняються від колоній M. tuberculosis, проте деякі види нетуберкульозних мікобактерій (фотохромогенні) можуть рости у вигляді характерної для M. tuberculosis R-форми. Оскільки нетуберкульозні мікобактерії також можуть викликати захворювання людини (мікобактеріози), вони також підлягають вибору для подальшої ідентифікації.
Головною відмінною особливістю роду мікобактерій є сувора кислото-, луго- і спиртостійкість, тому першим ступенем ідентифікації є мікроскопія усіх виділених культур із забарвленням мазків за методом Ціля-Нільсена.